Operativamente EFICAT, cuenta con un Comité Directivo, cuerpo colegiado encargado de direccionar las políticas, la prospectiva, los procedimientos y las metas de la Escuela, constituido por: 

• El Director Ejecutivo de Corpoica
• El director de la EFICAT
• El Director de Investigaciones de Corpoica
• El director del Centro de Investigaciones, sede de la EFICAT
• La Dirección del Departamento de Gestión Humana de Corpoica
• Un representante de cada una de las alianzas científico académicas de programas  que desarrollan actividades en el marco de la EFICAT

En esta dirección EFICAT, trabaja configurando alianzas entre Corpoica, Universidades y Centros de Investigación y  Productores, alrededor de principios rectores como son:

• Estudiar y entender la estructura y funcionamiento de los agroecosistemas tropicales

• Trabajar en y para sistemas agropecuarios tropicales complejos

• Adoptar como modelo de trabajo núcleos temáticos  interdisciplinares, como ejes de  investigación y de fundamentación en los procesos de capacitación y formación de talento humano.

• Incorporar y optimizar los recursos humanos, de infraestructuras, logísticos y económico administrativos de las alianzas

• Incorporar los procesos investigativos, de formación y capacitación del talento humano, a las redes del conocimiento desarrolladas por Corpoica y a las redes del conocimiento existentes en el sector académico, en los centros especializados de investigación y fundamentalmente al saber ancestral y cultural